بخش دهم- اصلاحات اوّلیّه در متن آن
اصلاحات اعمال شده در ایقان چه بوده و در چه زمانی انجام شده است؟ آیا این اصلاحات علنی بوده یا مخفی؟ منظور از این اصلاحات چه بوده است؟ اشکالات لازم به اصلاح چه بوده‌اند؟ آیا در کتب سماوی دیگر نیز از این دست اشکالات موجود بوده است؟
بخش یازدهم- محتوای آن به همراه متون مُکمِّله 1
تنوّع محتویات ایقان چقدر است؟ مهم‌ترین محتویات ایقان کدام هستند؟ مهم‌ترین محتویات ایقان در چه سندی فهرست وار بیان شده است؟ ابعاد محتویات ایقان چیست؟ ملاک تشخیص محتویات ایقان چیست؟ لایه‌های تودرتوی محتوای ایقان یعنی چه؟ چند بُعد از لایه‌های ایقان قابل تشخیص است؟
بخش دوازدهم- تأثیر و نفوذ آن
تأثیر اوّلیّۀ ایقان بر جامعۀ بابیان چه بوده است؟ نمونه‌های نفوذ ایقان در قلوب آدمیان چیست؟ مخاطبان نخستین ایقان چه کسانی بوده‌اند؟ مخاطبان نهایی ایقان چه نفوسی هستند؟ تأثیر ایقان در بسط فرایند تبلیغ امرالله چقدر بوده است؟ حوزه‌های اصلی تأثیرگذاری ایقان کدام بوده‌اند؟ چه کسی از بزرگان امرالله را به یاد می‌آورید که به واسطۀ مطالعۀ ایقان مؤمن شده باشد؟ آیا میزان نفوذ ایقان ثابت است؟ مطالعۀ عمیق ایقان چه تأثیری بر روند زندگی دارد؟ مصداق تأثیر تاریخی ایقان چیست؟
بخش چهاردهم- ارزش و اهمّیت آن
ملاک ارزش مندی ایقان چیست؟ اهمّیت کتاب ایقان از چه لحاظ است؟ آیا بدون درنظر گرفتن ایقان، می‌توان مدعی تحقیق صحیح در امر مبارک شد؟ چرا ایقان نقشی اساسی در معرفت عمقی احبا داراست؟ نگرش ابوالفضائل گلپایگانی نسبت به ایقان چگونه بوده است؟ تبلیغ امرالله چه رابطه‌ای با ایقان دارد؟
بخش پانزدهم- ایرادات و انتقادات وارد بر آن
عمده ایرادات وارد بر ایقان از ناحیۀ مخالفان چیست؟ آیا ایرادات وارد از طرف مخالفان اصالت و حقانیت ایقان را نفی می‌کند؟ به چه دلیلی؟ آیا ایرادات وارد بر سایر کتب سماوی بخصوص قرآن مجید اصالت و حقانیت آن را زیر سؤال می‌برد؟ اگر منشأ ایراد ذهن محدود انسانی است، آیا بر پدیده‌ای که الوهی و ماورایی است وارد می‌آید؟
بخش شانزدهم- ایرادات مشابه وارد به قرآن و احکام آن-نقد بر قرآن
آیا آیات قرآن مجید صد در صد مطابق با قواعد قوم عرب بوده است؟ آیا اصلا در آن زمان قواعد مدوّنی برای زبان عربی موجود بوده است؟ آیا متن قرآن از قواعد قوم تبعیت کرده است و یا قواعد قوم از روی متن قرآن نوشته شده است؟ آیا مخالفان اسلام به قرآن مجید ایرادات لغوی، نحوی و معنایی نگرفته‌اند؟
بخش شانزدهم- قسمت دوم
1) تناقض و انتقاد
از دیدگاه منتقدان، مجموعۀ آیات نه تنها با هم هماهنگ نیستند، بلکه در بعضی موارد یکدیگر را نقض می‌کنند.[۲][۳][۴] اما برخی مراجع مسلمان منکر وجود هرگونه تناقضی در قرآن هستند و تناقض را ناشی از نفهمیدن معنای واقعی آیه یا ناآشنایی با مفاهیم و علوم قرآنی می‌دانند.[۵][۶] همچنین عبدالکریم سروش می‌گوید که کلام‌الله پنداشتن خود کتاب قرآن که آن را مخلوق خود محمّد نپندارید، شما را در شرایطی سخت و لاینحل در بارۀ مسائل اخلاقی در قرآن قرار خواهد داد،[۷] نظر مشابهی که سم هریس در بارۀ تندروی اسلامی ناشی از برداشت تحت‌الفظی از قرآن دارد[۸] و ایاد جمال‌الدین نیز این نوع تندروی‌های اخلاقی در بنیادگرایی اسلامی را مخالف پیام محمّد می‌داند.[۹]